Старший інженер з біоінформатики в UKEESS Software House

UKEESS Software House шукає Senior Bioinformatics Engineer на повний робочий день (або в офісі у Львові, або з можливістю віддаленої співпраці в Україні).

Про замовника:

Це один з найбільших у світі ресурсів по сімейній історії та ДНК. За допомогою цього сервісу і ДНК-аналізу, наприклад, можна визначити етнічне походження, схильність до алергій, різноманітних хвороб, особливості тілобудови тощо (зараз - це близько 100 предикшинів в плані днк-аналізу). Також можна побудувати своє сімейне дерево на базі у понад 30 млрд оцифрованих архівних (у США) записів від XVIII ст. (+ ця цифра постійно росте) і дізнатись цікаві факти про своїх предків. Загалом, наш замовник вважається найбільшим у своєму спейсі. :)

Про проект та команду:

Ви приєднаєтесь до команди Data Science Engineering, яка працює над проектами, що пов'язані з дослідженням ДНК.  Один із наших проектів — прогнозування рис людей за допомогою SNP.

На цій посаді ви працюватимете із інфраструктурою та дослідницькою діяльністю, наприклад налаштуванням EMR, менедження Data Lake, роботою з хмарним середовищем, автоматизацією робочого процесу, розробкою даних та аналітикою. 

Технічний стек проекту: Python 3.8-3.11 / Django / MySQL / Nextflow / Airflow / PySpark / Docker / AWS (IAM, S3, EC2, FSx for Lustre) / Kubernetes 

Обов'язки нашого майбутнього колеги:

• Проектування та розробка складних великомасштабних систем, які щодня обробляють мільярди історичних записів

• Розробка ETL-пайплайнів із використанням Spark і Airflow

• Проектування та імплементація Nextflow-пайплайнів для обробки SNPs

• Робота з data engineering/processing/analytic

• Робота з хмарним середовищем (сервіси AWS)

• Визначення можливості впровадження інноваційних технологій

• Написання коду та юніт-тестів

• Постіний код-рев'ю пул-реквестів

• Діагностика складних проблем із залученням кількох систем і технологій

Наш ідеальний кандидат - це інженер із:

• хорошими навичками володіння Python

• здатністю обчислювати підсумкову статистику для вибірок даних

• критичними мисленням та відкритий до нових знань і навиків.

Необхідний досвід і навички:

• Хороші знання або досвід роботи із інструментами для Біоінформатики та базами даних: DBs: BLAST, GATK, NCBI, UCSC Genome browser, тощо

• 5+ років комерційного досвіду роботи із Python

• Комерційний досвід роботи з реляційними базами даних (MySQL бажано)

• Комерційний досвід роботи з інструментами оркестрації (Airflow / Nextflow бажано)

• Досвід із AWS (S3, EC2)

• Досвід роботи з CI/CD

• Англійська: вище середнього щонайменше (розмовна та письмова)

Буде перевагою:

• Хороші знання або досвід із PySpark

• Хороші знання або досвід із Django або Flask

• Хороші знання або досвід із Rust

• Хороші знання або досвід із Java

• Досвід із Docker і Kubernetes

• Знання або досвід із Scikit-learn

• Досвід із AWS FSx for Lustre і SageMaker 

• Знання або досвід із ML

• Комерційний досвід роботи з Airflow та/або Kubernetes

Що ми пропонуємо новому колезі?

• Конкурентоспроможна компенсація (на основі ринкових даних, але також залежить від технічного рівня кандидата)

• Гнучкий графік роботи

• Щорічна оплачувана відпустка

• Безкоштовні уроки англійської (онлайн)

• Медичне страхування або дві альтернативи на вибір

• Індивідуальний плани для професійного та особистісного розвитку

• Відсутність бюрократії та мікро менеджменту

• Сучасний комфортний офіс (зона барбекю, кухні, кімнати відпочинку та ін.)

• Закордонні відрядження (після війни)

• Парковка на території та зарядна станція для електромобілів

• Корпоративні подарунки, свята та розваги

• Спортивні активності: настільний теніс, футбол, воркаут

Надішліть нам своє резюме і давайте познайомимося! ;)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Team of UKEESS Software House is currently looking for a Senior Bioinformatics Engineer to join our team for a full-time position (remotely in Ukraine or in Lviv’s office).

About the Customer:

Our customer is the world’s largest DNA network from the USA. With more than 30 billion digitized global historical records, 130 million family trees, and 18+ million people in their growing database, our customers help people discover their family stories and gain корисні відомості про їхнє здоров’я та самопочуття. 

Про проект і команду:

Ви приєднаєтесь до команди Data Science Engineering і працюватимете над дослідницькими проектами ДНК. Одним із наших проектів є прогнозування рис людей за допомогою SNP.

Як частина команди, ви буде  працювати над інфраструктурою та дослідницькою діяльністю, як-от налаштування EMR, управління/керування Data Lake , діяльність у хмарному середовищі, автоматизація робочих процесів, розробка даних та аналітика. 

Стек технологій:< span style="font-weight: 400; font-style: normal; text-decoration: none"> Python 3.8-3.11 / Django / MySQL / Nextflow / Airflow / PySpark / Docker / AWS (IAM, S3, EC2, FSx для Lustre) / Kubernetes 

Обов’язки включатимуть:

• Допомога в проектуванні, проектуванні та розробці складних великомасштабних систем, які щодня обробляють мільярди записів

• Розробка конвеєра ETL Іскра та повітряний потік

• Розробити та реалізувати конвеєр Nextflow для обробки SNP

• Робота з обробкою даних/інженерією/аналітикою

• Робота з хмарним середовищем (служби AWS)

• Визначте можливості для впровадження інноваційних технологій і автоматизації робочого процесу

• Написати код і модульні тести

• Провести перевірку коду

• Діагностика складних проблем із залученням кількох систем і технологій

• Будьте прикладом інженерної досконалості

Наш ідеальний кандидат матиме хороші навички роботи з Python, правильне поєднання критичного мислення, здатність робити все, міцні основи програмування, розуміння даних часових рядів і здатність обчислювати підсумкову статистику для вибірок даних .

Вимоги:

• Знання або досвід роботи з інструментами та базами даних біоінформатики: BLAST, GATK, NCBI, UCSC Genome browser тощо.

• 5+ років комерційного досвіду роботи з Python 

• Комерційний досвід роботи з реляційними базами даних (бажано MySQL) 

• Комерційний досвід роботи з інструментами оркестровки (бажано Airflow / Nextflow)

• Досвід роботи з AWS (S3, EC2)

• Досвід роботи з CI/CD

• Англійська: принаймні вище середнього (розмовна та письмова)

Це буде плюсом:

• Гарні знання або комерційний досвід роботи з PySpark

• Гарні знання або комерційний досвід роботи з Django або Flask

• Гарні знання чи комерційний досвід роботи з Rust 

• Досвід роботи з Docker і Kubernetes

• Знання або комерційний досвід зі Scikit-learn

• Досвід роботи з AWS FSx для Lustre та SageMaker 

• Глибокі знання чи комерційний досвід роботи з Java

• Знання або досвід ML

Що ми пропонуємо новому колезі?

• Конкурентна винагорода (на основі ринкових даних, але також залежить від технічного рівня кандидата)

• Гнучкий графік роботи

• 3 пакети здоров'я на вибір

• Щорічна оплачувана відпустка та святкування державних свят

• Безкоштовні заняття англійською (онлайн)

• Індивідуальний підхід до професійного зростання

• Відсутність бюрократії та мікроменеджменту

• Сучасні комфортні офісні приміщення (барбекю зона, кухні, вітальніe кімнати, кавові машини тощо)

• Закордонні відрядження

• Власна автостоянка та зарядна станція для електромобілів< /span>

• Корпоративні подарунки, святкування та веселі заходи

• Спортивні заходи: настільний теніс, футбол, тренування< /p>

Якщо у вас є пристрасть до вирішення складних проблем; створення масштабованих надійних систем; люблю працювати з новітніми технологіями в швидкому, гнучкому середовищі; і ми раді перспективі значного впливу на продукти, які мають понад 3 мільйони платних передплатників, то ми хочемо поговорити з вами! ;-)